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Merck
CN

定制 dPCR引物及
探针

用于罗氏 Digital LightCycler® System


通过与罗氏合作,我们很高兴为罗氏 Digital LightCycler® System 提供定制引物、标准(3’-淬灭)探针、内淬灭探针和双淬灭(内淬灭和3’-淬灭)探针。

数字PCR是终点PCR方法,用于绝对定量和针对相似多数序列背景所分析的少数序列,例如体细胞突变的定量。 罗氏Digital LightCycler® System (图 1) 支持无细胞DNA/肿瘤学、基因表达/绝对定量和拷贝数量变 异/NIPT应用,分别具有高灵敏度(20,000个分区)、通用(28,000个分区)和高分辨率(100,000个分区)设置。

从左至右: 分析仪和分区引擎系统亮点包括:具有6个光学通道的分析仪允许进行多重检测;3种耗材配置可以满足不同的临床应用;基因5X DNA预混液优化,提供了高特异性和信号分离;基因5X RNA预混液优化,可得到显著的有效RT活性;样本追踪和自动数据分析简化了工作流;每批最高可以检测96个样本(1-12板),每批次用时2-4小时

图 1.从左至右: 分析仪和分区引擎系统亮点包括:具有6个光学通道的分析仪允许进行多重检测;3种耗材配置可以满足不同的临床应用;基因5X DNA预混液优化提供高特异性和信号分离;基因5X RNA预混液优化获取显著的有效RT活性;样本追踪和自动数据分析能力简化了工作流;每批最高可以检测96个样本(1-12板),每批用时2-4小时

如下性能参数表明,我们的引物和探针经过广泛测试,证明完全适配该数字PCR平台。

产品优势

  • 引物
    • 取您所需:各种规模、纯化方法等
    • 改善锁核酸杂交特异性
  • 标准探针
    • 序列特异性设计简单
    • 广泛的报告/淬灭基团组合
  • 内淬灭探针
    • 设计更长的探针
    • 广泛的报告/淬灭基团组合
  • 双淬灭探针
    • 设计更长的探针
    • 信噪比好
    • 更适合检测挑战性靶标

如果您的需要不同于在此所给的通用规格,请发送邮件至 dnaoligos@merckgroup.com进行咨询。

性能参数

罗氏研发部门在 Digital LightCycler® System 上测试了标准探针、内淬灭探针和双淬灭探针检测。参数如下:

  • 人类DNA靶标 (图 2 和 3)
    • EIF5B (内含子 1)
      • 扩增子:112 bp
      • 正向引物GGCCGATAAATTTTTGGAAATG
      • 反向引物GGAGTATCCCCAAAGGCATCT
      • 标准探针[6FAM]TTCAGCCTTCTCTTCTCATGCAGTTGTCAG[BHQ1]
      • 内淬灭探针[6FAM]TTCAGCCTT[BHQ2]CTCTTCTCATGCAGTTGTCAG
      • 双淬灭探针[6FAM]TTCAGCCTT[BHQ2]CTCTTCTCATGCAGTTGTCAG[BHQ1]
    • HER2 (外显子 7)
      • 扩增子:112 bp
      • 正向引物CTCATCGCTCACAACCAAGT
      • 反向引物GGTCTCCATTGTCTAGCACG
      • 标准探针[HEX]ACCCAGCTCTTTGAGGACAACTATGC[BHQ1]
      • 内淬灭探针[HEX]ACCCAGCTC[BHQ2]TTTGAGGACAACTATGC
      • 双淬灭探针[HEX]ACCCAGCTC[BHQ2]TTTGAGGACAACTATGC[BHQ1]
    • 实验设置
      • ELISA 测定
      • Digital LightCycler® DNA 预混液
      • 高分辨率板
      • HCT-116 gDNA 模板, ~1 cpp处
      • 900 nM / 250 nM & 450 nM / 125 nM 引物 / 探针浓度
      • 在每种条件下,设置一个阴性对照组,平行进行两次复制
      • 1D荧光散点分析
  • 人类RNA靶标 (图 4)
    • HER2 (外显子 7)
      • 扩增子长度、引物和探针与上述HER2 DNA检测全部相同。
    • R4Q5 [DCK] (外显子 3)
      • 扩增子:122 bp
      • 正向引物CTCAGAAAAATGGTGGGAATGTT
      • 反向引物GCCATTCAGAGAGGCAAGCT
      • 标准探针[Cyanine5]CCTTCCAAACATATGCCTGTCTCAGTCGA[BHQ3]
      • 内淬灭探针[Cyanine5]CCTTCCAAA[BHQ2]CATATGCCTGTCTCAGTCGA
      • 双淬灭探针[Cyanine5]CCTTCCAAA[BHQ2]CATATGCCTGTCTCAGTCGA[BHQ3]
    • 实验设置
      • ELISA 测定
      • Digital LightCycler® RNA 预混液
      • 高分辨率板
      • 50 ng Clontech qPCR Human Reference Total RNA
      • 450 nM / 125 nM 引物 / 探针浓度
      • 在每种条件下,设置一个阴性对照组,平行进行两次技术复制
      • 1D荧光散点分析
EIF5B DNA靶标检测的1D散点

图 2.EIF5B DNA靶标检测的1D散点A) 900 nM 引物和 250 nM 探针。B) 450 nM 引物和 125 nM 探针。对于A和B,从左至右:对照、标准探针检测、内淬灭探针检测和双淬灭探针检测每个检测仅显示一个复制。

HER2 DNA靶标检测的1D散点

图 3.HER2 DNA靶标检测的1D散点A) 900 nM 引物和 250 nM 探针。B) 450 nM 引物和 125 nM 探针。对于A和B,从左至右:对照、标准探针检测、内淬灭探针检测和双淬灭探针检测每个检测仅显示一个复制。

RNA靶标检测的1D散点

图 4.HER2 RNA靶标检测的1D散点A) HER2检测、 450 nM 引物和 125 nM 探针。B) R4Q5 (DCK) 检测、450 nM 引物和 125 nM 探针。对于A和B,从左至右:对照、标准探针检测、内淬灭探针检测和双淬灭探针检测每个检测仅显示一个复制。


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