一般描述
DNA拓扑异构酶1(EC 5.99.1.2;UniProt P11387;也被称为DNA拓扑异构酶I,Topo I)由人TOP1(也称为TOPI)基因(基因ID 7150)编码。Topo I通过在dsDNA的一条链产生切口以允许切断的3′-羟基末端可围绕未切断的链旋转,从而松弛双链DNA(dsDNA)的扭转应变,而有缺口的DNA的5′-磷酰基末端会与Topo I上的酪氨酸残基形成一个共价的磷酸二酯键。有缺口的3′-羟基末端则攻击DNA酶的磷酸酯键,使有缺口的DNA链重新连接。在Topo I催化的切断和重新连接的每一轮过程中,都会去除一个超螺旋。喜树碱被广泛用于癌症治疗,这些药物可在topo I活性位点插入DNA,从而抑制酶的连接步骤,并使平衡朝着共价topo I-DNA复合物而非游离的topo I和DNA方向移动。这些药物稳定的共价topo I-DNA复合物与前进中的复制叉或转录复合物的相互作用会导致DNA进一步损伤并最终导致细胞死亡。
特异性
克隆1.1A可通过检测topo I活性位点Tyr723磷酸化,特异性识别DNA共价复合物中的拓扑异构酶I(Topo I),但不识别非DNA复合的游离Topo I(Patel, A.G., et al, (2016).44(6):2816-2826)。
应用
抗拓扑异构酶I-DNA共价复合物抗体,克隆1.1A,是一种抗拓扑异构酶I-DNA共价复合物的抗体,可用于免疫细胞化学、流式细胞术,斑点印迹、ELISA。
流式细胞分析:1.0 µg代表性批次该抗体在拓扑替康处理的HCT116人结肠癌细胞中检测到拓扑异构酶I/DNA共价复合物。
免疫细胞化学分析:10 µg/mL代表性批次产品在拓扑替康处理的A549人肺癌细胞中检测到拓扑异构酶I/DNA共价复合物(由明尼苏达州罗切斯特市梅奥诊所的Scott H. Kaufmann博士提供)。
流式细胞术分析:10 µg/mL代表性批次产品在拓扑替康处理的A549人肺癌细胞中检测到拓扑异构酶I/DNA共价复合物(由明尼苏达州罗切斯特市梅奥诊所的Scott H. Kaufmann博士提供)。
斑点印迹分析:一个代表性批次产品在TPT处理和未处理的A549细胞的CsCl2梯度裂解液中,通过狭缝印迹法检测到了拓扑替康/TPT稳定的拓扑异构酶I/DNA共价复合物,但未检测到游离拓扑异构酶I(非DNA复合)(Patel, A.G., et al, (2016).44(6):2816-2826)。
斑点印迹分析:一个代表性批次产品通过狭缝印迹从TPT处理的A549和HCT116细胞的裂解物中,检测到了拓扑替康(TPT)剂量依赖性的TPT稳定的拓扑异构酶I/DNA共价复合物的增加(Patel, A.G., et al, (2016).44(6):2816-2826)。
斑点印迹分析:一个代表性批次产品从喜树碱(CPT、SN-38、TPT)或茚并异喹啉(NSC 314622、NSC 725776、NSC 743400)处理的A549细胞的裂解物中检测到稳定的拓扑异构酶I/DNA共价复合物,但未检测到核苷类似物(阿糖胞苷和吉西他滨) (Patel, A.G., et al, (2016).44(6):2816-2826)。
ELISA分析: 一个代表性批次产品通过直接(非夹心形式)ELISA检测到了与磷酸化Tyr723对应的拓扑异构酶I活性位点序列的免疫原肽,但未检测到具有非磷酸化Tyr273的肽(Patel, A.G., et al, (2016).44(6):2816-2826)。
免疫细胞化学分析: 一个代表性批次产品在拓扑替康/TPT处理的A549细胞中检测到非核仁拓扑异构酶I/DNA共价复合物基因座的剂量依赖性增加,而未处理细胞中的少数基因座仅在核仁中可见(Patel, A.G., et al, (2016).44(6):2816-2826)。
免疫细胞化学分析:一个代表性批次产品在拓扑替康/TPT处理的A549细胞中检测到了与磷酸H2AX和Rad51的拓扑异构酶I/DNA共价复合物在时间和空间上不同的核基因座形成(Patel, A.G., et al, (2016).44(6):2816-2826)。
研究子类别
染色质生物学
研究类别
表观遗传学&核功能