细胞计数与健康状况分析
在开始实验或生产工艺前，必须对培养细胞进行计数，以监测倍增时间并定量。培养细胞所需的常规监测不仅涉及增殖情况，还涉及活力、细胞毒性和其他细胞健康状况指标。具体测定方法选择取决于培养细胞类型、研究应用和所需的通量。在转染、基因组研究、冻存或其他细胞操作的传代或下游应用之前，培养细胞定量或计数至关重要。
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手动细胞计数
细胞计数板（如带有Neubauer网格的血细胞计数板）是手动/目视细胞计数的常用设备。将一小部分细胞悬液上样到网格化的精密磨玻璃设备计数板中，在此通过毛细作用将其分散在蚀刻网格上。在显微镜下观察细胞并手动计数板计数。基于细胞计数板和网格系统的预定义体积，可计算细胞浓度。可使用成像系统自动化处理计数过程。
自动细胞计数
许多自动细胞计数设备使用与血细胞计数板相同的视觉计数染料和原理。与依靠目标识别的自动细胞计数仪不同，Coulter计数设备在实用性和精度方面受到普遍认可。Coulter计数仪借助传感器感应电阻变化，从而检测细胞并对细胞悬浮液计数。此设计更可靠地检测细胞——即使是小型细胞，也可高精度计数。手持式便携型（类似于移液枪）可从直接计数培养罩中的细胞。
细胞活力测定
DNA合成：监测细胞中的活性DNA合成，是部分细胞增殖测定的基础条件。通过掺入修饰的核苷（例如可借助抗体检测到的放射性3H-胸苷或非放射性溴脱氧尿苷（BrdU）），可测定DNA复制情况。
代谢活动：测定代谢活性的热量测定适于分析细胞增殖、细胞活力和细胞毒性。仅在代谢活跃的细胞中，四唑盐（如MTT、XTT和WST-1）才会还原为有色的甲臜化合物。ATP的存在也是代谢活性的指标。在萤火虫萤光素酶报告基因测定中，分裂细胞产生的ATP可氧化D-萤光素，从而产生可读取的生物荧光。
染色：台盼蓝染色常用于活细胞计数。该方法基于以下原理：活细胞不会吸收染料，而死细胞会吸收染料并在显微镜下呈蓝色。
荧光细胞活力测定：5(6)-羧基荧光素二乙酸酯N-琥珀酰亚胺酯(CFSE)标记是测量细胞群中的细胞分裂代数的普遍选择。另一种可透过膜的染料Calcein-AM本身不发荧光，但在被活细胞水解后会发强烈的绿色荧光。而碘化丙锭(PI)核染料仅可通过穿过受损细胞的受损膜到达细胞核。由于钙黄绿素和PI-DNA均可被490 nm的光激发，因此可通过单激发荧光显微镜同时监测活细胞和死细胞。
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