存档的福尔马林固定和石蜡包埋 (FFPE) 组织样本是分析基因表达和研究多种疾病的宝贵资源。由于存档的 DNA 通常数量有限,因此样本的扩增必不可少。由于存档过程导致模板损坏,放大 FFPE 组织可能是一项艰巨的任务。该方案为从 FFPE 组织中纯化和扩增基因组 DNA 提供了方便的方法。GenomePlex®全基因组扩增已用于扩增大鼠和人类FFPE组织样本的基因组DNA。
注意:以方案描述了 DNA 纯化和随后的全基因组扩增的过程。我们已通过我们的GenomePlex®组织全基因组扩增试剂盒(货号WGA2+C4482)极大简化了这一过程。该试剂盒包括用于组织破碎和细胞裂解的优化试剂,无需繁琐的有机提取过程,可在扩增前去除多余的石蜡或 DNA 纯化过程。
从福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)组织中提取DNA
该方案是在大鼠肝组织上进行的。建议在该过程中使用GenElute™哺乳动物基因组DNA小量制备试剂盒(G1N10)。
GenomePlex® 全基因组扩增 FFPE 组织
图标符号:产物是通过使用来自我们的GenomePlex®全基因组扩增试剂盒(WGA1)、供应商A和供应商Q分别扩增得到的。在1.5%琼脂糖凝胶上分离产物。向每孔中加入5 µL扩增产物。与供应商 A 和 Q 相比,使用 GenomePlex 技术扩增的产物分子量较小,这归因于扩增前基因组 DNA 的随机片段化。我们的扩增产物是特异性的,在阴性对照中没有可见的扩增子(泳道 2),表明只有所需的基因组 DNA 被扩增。供应商 A 和 Q 在阴性对照中产生非特异性信号,其大小和强度与供应商阳性对照的信号相等。
泳道 1—1kb 标记 | 泳道 6—供应商 A 10 ng 输入 DNA |
泳道2—我们的阴性对照 | 泳道7—供应商 A 100 ng 输入 DNA |
泳道3—我们的 10 ng 输入 DNA | 泳道8—供应商 Q 阴性对照 |
泳道4—我们的 100 ng 输入 DNA | 泳道9—供应商 Q 10 ng 输入 DNA |
泳道5—供应商 A 阴性对照 | 泳道10—供应商 Q 100 ng 输入 DNA |
图标符号:从福尔马林固定和石蜡包埋的大鼠肝脏样本中提取 DNA。10 ng和100 ng的基因组DNA是通过使用GenomePlex® Complete WGA试剂盒(货号WGA2)扩增并然后用GenElute™ PCR纯化试剂盒(NA1020)纯化得到的。使用 12 种不同的引物组对 WGA 反应进行定量 PCR(45 个循环)。与供应商相比,GenomePlex 表现出约 1000 倍 (10 Ct) 更好的代表性。
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