在分离DNA和RNA的过程中，对核酸酶的蛋白水解失活起作用。

在分离DNA和RNA的过程中，用于核酸酶的蛋白水解失活。
用于去除内毒素结合的阳离子蛋白，如溶菌酶和核糖核酸酶A。
据报道，其可用于分离肝、酵母和绿豆线粒体
用于测定酶在细胞膜上的定位
用于石蜡包埋组织切片的处理，暴露用于抗体标记的抗原结合位点。
用于可传播海绵状脑病(TSE)研究中朊病毒脑组织样本蛋白的消化。

蛋白酶K是一种稳定且具有高活性的丝氨酸蛋白酶。晶体和分子结构研究证据表明该酶属于枯草素家族，具有活性位点催化三联体(Asp³⁹-His⁶⁹-Ser²²⁴)。它在一系列广泛的环境中均稳定：pH，缓冲盐，去污剂（SDS）以及温度。 在0.1-0.5% SDS存在的情况下，蛋白酶K可保持活性，在不损害分离DNA完整性的前提下，可以消化DNA制剂中的多种蛋白质和核酸酶。

在pH 7.5、37摄氏度条件下，一单位酶每分钟水解尿素变性的血红蛋白产生的颜色强度，相当于1.0微摩酪氨酸。

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