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MISSION® esiRNA规格

定制和预设计esiRNA

自2020年10月下旬/11月初开始，管装交付的esiRNA产品——单独的esiRNA、esiOPEN 和 esiSEC——将开始以冻干形式而非溶液形式发货（板装esiRNA 产品——esiLibrary 和 esiFLEX——将继续以溶液形式发货）。出于以下原因，我们正在对管装产品（大多数 esiRNA 管装发货）进行如下调整：

  1. 冻干材料可在环境温度下发货，而不是在干冰上冷冻。运输费用的减少将帮助我们将产品价格保持在尽可能低的水平。
  2. 发货包装中去除干冰，可让我们减少包装材料，进而帮助我们履行减少环境影响的承诺。作为 RNA，esiRNA 在室温下至少可稳定保存 3 周。收到您的 esiRNA 后，请在临用前 -20 °C 储存。产品技术公告中的附录 2 包含重悬方案。上述调整存在一段过渡期，部分 esiRNA 可能仍以溶液形式运输，部分会冻干发货。我们将尽快加速冻干发货完全转型。
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所有订购和报价选项均包含在esiRNA规格表中

MISSION® esiRNA（Eupheria Biotech提供支持）为 RNAi 研究人员进行蛋白质编码基因和 lncRNA（长链非编码 RNA）的转录后沉默，提供了一种经过验证、实惠且简单的方法。生物制备的 esiRNA 由异源性 siRNA（天然 RNA，无修饰）混合物组成，靶向相同的 mRNA 序列。这些多重沉默触发器导致高度特异性、有效的基因敲低，脱靶效应低于单一的化学合成 siRNA（图 1）。

可通过化学合成的 siRNA 或酶法制备的 siRNA (esiRNA) 来敲低靶 mRNA。

图 1.可通过化学合成的 siRNA 或酶法制备的 siRNA (esiRNA) 来敲低靶 mRNA。A) 化学合成的 siRNA 由一个与目标 mRNA 互补的 21 bp 沉默触发器组成。转染反应中高浓度的 siRNA 会导致明显的脱靶效应。B) 而esiRNA 由数百种 siRNA (21 bp) 的混合物组成，覆盖靶 mRNA 的 300 – 600 bp 区域。每中单独 siRNA 在混合物中的浓度较低，从而导致较低的脱靶效应，实现有效敲低。

产品优势

  • 有保障的基因沉默效果
  • 与化学合成的单一 siRNA 相比，脱靶效应更低
  • 高靶向特异性造就高效的基础筛选工具（图 2）
  • 实惠的基因组规模 RNAi 筛选工具
用靶向海肾萤光素酶（阴性对照）和不同表达靶标的 esiRNA 转染 HeLa 细胞，在 mRNA 和蛋白质水平评估基因敲低效果

图 2.用靶向海肾萤光素酶（阴性对照）和不同表达靶标的 esiRNA 转染 HeLa 细胞，在 mRNA 和蛋白质水平评估基因敲低效果。A) 在转染后 24 小时通过qPCR 数据验证敲低效果。在所有转染细胞中，mRNA 丰度降低了 >90%。B) 在转染后 72 小时，通过定量蛋白质印迹数据验证有效敲低效果。蛋白水平降低了 45% 至 90%。

产品特性

以下说明适用于 esiRNA 规格表中包含的所有产品选项：

  • 纯化方法：Q-Sepharose 分离、异丙醇沉淀和乙醇洗涤
  • 序列形式：数百个平均双链长度为 21 bp 的 siRNA 混合物库
  • 质检方法：分两个阶段进行
    o    通过凝胶电泳和 DNA 测序分析 cDNA 克隆的 PCR 产物
    o    通过凝胶电泳分析消化反应
  • 稳定性：-20 °C 下可维持活力 2 年

如果下表中注明“咨询”，或者所列标准规格无法满足您的要求，请发送邮件至sirnarequest@milliporesigma.com进行咨询。

浏览完整的预设计esiRNA清单。

*DEQOR 是 esiRNA 设计算法。详情请见：Henschel A, Bucholz F & Habermann B (2004)。DEQOR: a web-based tool for the design and quality control of siRNAs.Nucleic Acids Res, 32, W113-120。

对照esiRNA

提供多种阳性和阴性对照（图 3）：

  • 阳性对照：人类Eg5 (KIF11)和小鼠Eg5 (Kif11) esiRNA 以及所有经过验证的 esiRNA（见下表），用于确保转染和优化实验构建
  • 阴性对照：RLUC、FLUC和EGFP（EGFP 也可用作表达 EGFP 的细胞中的阳性对照）esiRNA，用于区分序列特异性沉默和非特异性效应
相对于 A) RLUC（阴性对照）和 B) Eg5/KIF11（阳性对照）的转染 esiRNA 的 HeLa 细胞表型分析

图 3.相对于 A) RLUC（阴性对照）和 B) Eg5/KIF11（阳性对照）的转染 esiRNA 的 HeLa 细胞表型分析。RLUC 不诱导任何表型变化，而 Eg5/KIF11 诱导有丝分裂停滞（显示圆形细胞形态）。

经验证的esiRNA

许多常见基因靶标已经过 ≥70% mRNA 敲低验证（qPCR和蛋白质免疫印迹验证数据）。请参阅下表，了解常订购的经验证esiRNA 清单（按基因符号排列）。经验证的esiRNA适于转染优化或用作阳性对照。

lncRNA esiRNA

转录组分析表明，高达 90% 的基因组被转录为非编码 RNA，其中包括 lncRNA。lncRNA 与不同的功能相关，包括染色质修饰、转录因子共激活、转录、与 RNA 结合蛋白的相互作用以及启动子抑制。此外，lncRNA 还与癌症等疾病有关。因此，我们有必要进一步阐明 lncRNA 的作用机制详情。esiRNA 是研究 lncRNA 功能的有效筛选工具（图 4）。

用相应 esiRNA 转染后 24 小时，通过 qPCR 数据验证 HeLa 细胞中的 lncRNA 敲低效果

图 4.用相应 esiRNA 转染后 24 小时，通过 qPCR 数据验证 HeLa 细胞中的 lncRNA 敲低效果。用靶向 RLUC 的 esiRNA 转染对照并标准化结果。

产品制造

通过大肠杆菌RNase III内切核糖核酸酶切割长链dsRNA（双链 RNA），制得生物制备（图 5）的 esiRNA

单基因 esiRNA 制造概览

图 5.单基因 esiRNA 制造概览。A) 采用DEQOR，筛选产生最多数量高效 siRNA、覆盖所有已知转录本变异且脱靶效应最低的 mRNA 目标区域。B) 从 cDNA 克隆中提取目标区域，并通过 PCR 扩增（同时采用两种引物引入 T7 启动子。C) 使用 RNA 聚合酶体外转录PCR 产物。D) 用 RNase III 消解退火的长双链 RNA (dsRNA) ，纯化去除 DNA 模板、残留NTP 和未完全消解的dsRNA。最后，制得包含数百种siRNA、平均双链长度21 bp的esiRNA混合物。

esiRNA保证

转染浓度≥30 nM 时，MISSION® esiRNA可将培养细胞中的靶标mRNA水平降低70%。如果 esiRNA 未将靶标基因敲低70%，我们将针对该基因免费再提供一份esiRNA。如果我们未储备该基因的esiRNA，将全额退款。

上述保证需提供有关转染效率的适当支持数据。转染效率的适当支持数据包括 qPCR 数据，即将经验证的 MISSION® esiRNA 的靶标 mRNA 水平与适当的阴性对照（如模拟转染、RLUC、FLUC 或 eGFP esiRNA）进行对比，在 ≥ 30 nM 浓度转染的情况下经证靶标 mRNA 敲低率小于 70%。

由于抗体和蛋白质半衰期不定，我们不接受基于蛋白质的检测方法数据。

常问问题解答

有关 esiRNA 的更多信息，请访问我们的常见问题解答部分。

视频教程

了解有关使用 esiRNA 筛选哺乳动物细胞的信息。

如需其他帮助，请通过sirnarequest@sial.com咨询我们的技术服务团队。

了解更多有关RNA 干扰的信息：从单基因研究到全基因组筛查 - Julia Krüger，Eupheria Biotech公司高级科学家

精选引用文献

单基因esiRNA

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