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Sanger全基因组CRISPR芯片文库

全基因组功能缺失筛查是发现生物过程背后的基因和途径的有效方法。为帮助您揭秘感兴趣的基因和通路,我们与 Wellcome Sanger Institute 合作,制作了第一个靶向人类和小鼠基因组的阵列慢病毒 CRISPR 敲除文库。1我们的桑格全基因组阵列文库覆盖超过 17,000 个人类基因和20,000 个小鼠基因且每个基因都有两个优化的 gRNA,是可帮助您做出惊人发现的强大工具。

阵列筛选方法兼具效率和多用途型,即使难转染细胞系也可轻松胜任

尽管混合 CRISPR 文库可以提供全基因组敲除,但阵列方法具有许多优势:  

  • 丰富的表型内容:可灵活进行功能测定,同时可超越活性范畴进行分析——可运用细胞成像、荧光、发光和比色读数
  • 简化数据分析:轻松进行比中识别,无需反卷积
  • 高灵敏度:每个孔中单个靶标,具有更好的信噪比  
  • 方便识别候选基因:基因型与表型相关性更接近 
  • 灵活性:可应用于更广泛的细胞类型,包括原代细胞和神经元

我们的 桑格阵列 CRISPR 文库为 Sigma-Aldrich® 产品线独有,且可商业化供应。此产品可以与其他工具结合使用,助您获得所需的结果:可使用我们的 CRISPR 对照执行初步试点实验并优化您的细胞系统和测定方法;或者在基于我们现有CRISPRRNAiORF文库进行的验证或招募应用互补实验中,使用阵列文库。 

立即开始 CRISPR 筛选

既然可以使用 gRNA 优化的阵列 Sanger CRISPR 文库,何须费心处理假阳性结果问题?我们独有的桑格 CRISPR 文库提供广泛、高质量的基因敲除,确保您购买全基因组阵列文库即可快速跟踪自己的研究。 

感染阵列 CRISPR 慢病毒的 A549-Cas9-Blast 稳定细胞中的 BFP 表达,感染后 7 天,放大 20 倍

我们得慢病毒 CRISPR 筛选提供了多种应用选择:

  • 稳定或瞬时转染
  • 富集细胞群(载体支持嘌呤霉素和 BFP 法筛选) 
  • BFP 标签支持阳性细胞可视化(图 1
  • 创建包含病毒颗粒的稳定细胞系,以实现持续掺入
  • 几乎可转导任何类型的细胞(分裂细胞系和非分裂细胞系)
  • 获得任意应用适宜的定制滴度

图1 .感染阵列 CRISPR 慢病毒的 A549-Cas9-Blast 稳定细胞中的 BFP 表达,感染后 7 天,放大 20 倍。

需要 CRISPR 基础知识方面的帮助?了解更多有关 CRISPR 入门的信息。

96孔板

 桑格文库规格

甘油形式

  • 大约 400 块 96 孔板,每个克隆 50 µL 细菌甘油原液
  • 人类或小鼠物种

慢病毒形式

  • 大约 100 块 384 孔条形码标记 Costar 板,带有可刺穿的铝封板膜
  • 每个克隆 10 uL,最低滴度 1x106 个颗粒/mL(通过 p24 法测定)
  • 人类或小鼠物种

桑格 CRISPR 向导 RNA 设计和载体特征

gRNA设计

  • 通过靶向蛋白编码序列的前半部分,最大限度提高基因敲除率
  • 优化所有转录本的靶向
  • 避开编码序列的前 90 bp,其中通常存在备用起始密码子
  • 针对高度保守的序列,避开 SNP,确保多个细胞系中的代表性
  • 通过严苛的规则减少或消除脱靶效应出现的概率

载体特征

  • 简化嘌呤霉素选择的流程
  • 可视化 CRISPR 表达细胞并富集含 BFP 的转导细胞群
  • 转座酶位点提供了慢病毒递送的替代方案
桑格慢病毒CRISPR载体示意图(LV04)

图 2.桑格慢病毒CRISPR载体示意图(LV04)

慢病毒生产平台

我们致力于为基因组编辑技术提供无与伦比的制造和支持能力。我们配备了一流的机器人、液体处理、LIMS 和专用实验室,可真对您的 CRISPR 研究需求提供优质、便捷的服务。

高品质的制造系统和高素质人员:

  • 高吞吐量 (HT) 机器人操作
  • 一维和二维条码标记
  • 资深专家,拥有10年以上的慢病毒基因编辑经验
  • 高通量病毒生产

从单一靶标到全基因组

桑格文库是唯一能够以方便的阵列形式进行全基因组 CRISPR 敲除研究和复杂表型读取的工具。较小规模的实验则可利用制造品质和Wellcome Sanger Institute的设计专业知识,针对研究构建定制Panel。

需要更集中或更经济的筛选?

  • 为任意基因选择单一 Sanger QuickPick™ 克隆
  • 精挑细选任何大小的定制桑格 Panel
  • 订购桑格载体携带的任意 gRNA 设计
  • 通过桑格 Panel 靶向任意通路或基因家族
  • 人可入药
  • 肿瘤抑制剂
  • 转录因子
  • 癌细胞生物学
  • 细胞表面蛋白
  • 表观遗传学
  • 细胞周期
  • 激酶
  • GPCR
  • 细胞凋亡
  • 细胞粘附
  • 细胞因子和细胞因子受体
  • 泛素连接酶
  • 泛素酶
  • 膜运输
  • 离子通道
  • DNA修复
  • 蛋白酶
  • 磷酸酶
  • B 细胞活化
  • T细胞活化
  • 解旋酶
  • JAK-STAT
  • 泛素蛋白酶
  • 核激素受体

未发现您所需的选项?指定通过桑格骨架制造的 gRNA。从全基因组文库到单个克隆。

 桑格gRNA应用资料

Sanger 筛选 gRNA 经过充分优化,有助实现稳健的基因编辑。这类gRNA可最大限度确保基因敲除,经CEL-I法插入缺失检测评估非常有效。此外,其针对每个基因提供了两个 gRNA,可在全基因组筛选后对候选目标进行分级,最大限度提高效率并减少假阳性结果。

嘌呤霉素筛选后细胞生长四天

A.

嘌呤霉素筛选后细胞生长四天 - 感染病毒
CEL-I 测定的典型凝胶图

B.

高平均 CRISPR 核酸酶活性

C.

图 3.在CEL-I 突变检测测定中,来自 桑格慢病毒gRNA 文库的克隆显示出明确的基因编辑。用 Sanger 筛选 gRNA 感染A549-Cas9-Blast 细胞,通关嘌呤霉素筛选,然后进行 CEL-I 测定。  A) 嘌呤霉素筛选后细胞生长四天; B) CEL-I 测定的典型凝胶图,显示接受桑格导向RNA的细胞样品中的 DNA 裂解(泳道 G7-G12),对照无裂解; C) gRNA 克隆典型筛选(每个点代表单个克隆),CEL-I 测定中的切割 DNA 百分比(y 轴)图表现出高平均核酸酶活性和高活性 gRNA 频率。

了解桑格筛选设计者如何使用该工具帮助寻找神经退行性疾病新疗法。

产品列表
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参考文献

1.
Metzakopian E, Strong A, Iyer V, Hodgkins A, Tzelepis K, Antunes L, Friedrich MJ, Kang Q, Davidson T, Lamberth J, et al. 2017. Enhancing the genome editing toolbox: genome wide CRISPR arrayed libraries. Sci Rep. 7(1): https://doi.org/10.1038/s41598-017-01766-5
2.
Denis Belitškin D, Pant SM, Munne P, Suleymanova I, Belitškina K, Hongisto H, Englund J, Raatikainen T, Klezovitch O, Vasioukhin V, et al. 2021. Hepsin regulates TGFβ signaling via fibronectin proteolysis. EMBO Rep. 22(11): https://doi.org/10.15252/embr.202152532
3.
Turner RJ, Golz S, Wollnik C, Burkhardt N, Sternberger I, Andag U, Cornils H. 2020. A Whole Genome-Wide Arrayed CRISPR Screen in Primary Organ Fibroblasts to Identify Regulators of Kidney Fibrosis. SLAS DISCOVERY: Advancing the Science of Drug Discovery. 25(6):591-604. https://doi.org/10.1177/2472555220915851
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